Am Vormittag des 17. Januar 1911 ereignete sich der einzige deutsche U-Boot-Unfall vor dem Ersten Weltkrieg. U 3 lief an diesem Tag mit 10 U-Bootschülern besetzt an einem stürmischen Tag mit Wind und hohen Wellen zu einer Erprobungsfahrt aus dem Kieler Hafen.
Noch vor Verlassen der Förde sollte eine Trimmübung durchgeführt werden, bei der das Boot nur so weit taucht, dass das Deck gerade unter Wasser kommt und der Kommandoturm über Wasser bleibt. Als jedoch das Wasser das Oberdeck überspülte, drang es in den Maschinenraum ein. Durch einen Ventilationsmast, dessen Verschlussklappe den geschlossenen Zustand anzeigte, gelang das Wasser ins Boot. Es stieg schnell, so dass das Schott zum Maschinenraum geschlossen wurde. Kapitänleutnant Ludwig Fischer befahl daraufhin, alle Mann in den Bugraum zu evakuieren, während er selbst mit Leutnant zur See Kalbe und Obermatrose Rieper in der Zentrale verblieb. Durch die starke Neigung des Bootes, lief die Säure aus den Akkumulatorenzellen aus und bildete einen giftigen Dampf im Maschinenraum. Die vorderen Ballasttanks wurden ausgeblasen, um den Bug des Bootes aus dem Wasser zu bekommen, in dem sich die Mannschaft befand.
Der Unfall wurde von dem Begleitboot U 1 sofort bemerkt und an den Kleinen Kreuzer Augsburg gemeldet, dieses bat um Hilfe bei der Torpedoinspektion und der Werft, woraufhin ein Schwimmkran zur Unfallstelle aufbrach. Das U-Boot-Hebeschiff Vulkan war im Hafen für Reparaturen festgemacht und, sobald es einsatzbereit war, ebenso zur Unfallstelle beordert. Es traf um 1:25 Uhr ein, konnte jedoch nicht viel ausrichten, da das U-Boot nur in horizontaler Lage hätte gehoben werden können. In der Zwischenzeit hatten Taucher schon ein Stahlseil am Vorschiff befestigt und den Bug aus dem Wasser gehoben, so dass die dort befindliche Besatzung durch die Torpedorohre gerettet werden konnte. Sie hatten sich so lange durch einen Notluftanschluss und durch die im Boot befindlichen Mittel zur Lufterneuerung versorgen können. Inzwischen befanden sich Kapitänleutnant Ludwig Fischer, Leutnant zur See Kalbe und Obermatrose Rieper im Kommandoturm des Bootes. Es sollte nun versucht werden, auch das Heck mit Hilfe eines zweiten Werftkrans so weit zu heben, dass der Turm über Wasser kommt. Bei dem Versuch brachen die Hebeketten achtern zwei mal, die Aktion wurde um 18:30 Uhr beendet und es blieb den Helfern nur noch das Boot auf Grund zu setzen, um es dann mit dem Hebeschiff zu heben. Dies gelang schließlich um 4:35 Uhr morgens. Der Turm wurde geöffnet. Er war tocken und frei von giftigen Gasen. Die 3 Männer wurden jedoch nur noch tot vorgefunden. Sie sind durch Sauerstoffmangel erstickt.
Spätere Untersuchungen ergaben, dass die Verschlussklappe des Ventilationsmastes falsch eingebaut war.
Das Geschehen fand große Beachtung bis hin zu Kaiser Wilhelm II. Die Beisetzung Fischers in Darmstadt zog 10.000 Trauernde an. Das Darmstädter Realgymnasium setzte noch im selben Jahr seinem ehemaligen Schüler (1896–1899) auf dem Schulhof ein Denkmal mit einem Porträtmedaillon.
